Il Comitato di indirizzo pastorale è composto da 5 membri nominati dall’Ordinario della Diocesi di Bergamo. I membri durano in carica quanto il Consiglio di Amministrazione e sono rieleggibili.

Il Comitato di indirizzo pastorale è un organo consultivo che svolge funzioni di programmazione di medio termine delle attività della Fondazione, anche in collegamento con gli Enti ecclesiastici e non del territorio, ed è convocato dal Presidente che lo presiede. Tale Comitato ha il compito di rendere più coerenti le sinergie tra la Fondazione e gli Enti ecclesiastici nella gestione delle iniziative che traducono la linea pastorale degli Enti ecclesiastici fondatori.